A mi me ocurrió algo parecido y como los lugares a reparar eran inaccesibles utilizaron una especie de spray de ponivinilo lanzado a chorro con una pistola a presión. Desde entonces, se acabaron los problemas. Lo malo es que no recuerdo qué empresa me dió el servicio pero estoy seguro de que podrías encontrarla buscando en google

Consulta el artículo Sistemas de Impermeabilización a ver si encuentras la respuesta a tu pregunta. Por lo que comentas, una vez identificado el punto o zona de filtración hay que sanear la zona y rehacer la impermeabilización de nuevo.