El comportamiento dinámico de las lagunas de Ruidera, así como de los manantiales yaguas subterráneas de la zona de influencia ha sido investigado aprovechando el largo período de sequía ocurrido entre 1993 y finales de 1995 y el período lluvioso que siguió a continuación. Como herramientas principales de trabajo se han utilizado aforos de flujos superficiales por métodos de trazadores, así como la medida de los cambios de composición química e isotópica del agua, incluyendo deuterio, oxígeno-18 y tritio. La determinación de los coeficientes de agotamiento de los dos manantiales que permanecían activos al final del período de sequía ha permitido obtener información sobre el proceso de secado total de las lagunas de aguas abajo. Los isótopos estables y el tritio han proporcionado información sobre la relación existente entre las lagunas y el acuífero carbonatado circundante, así como sobre la renovación de las aguas subterráneas en la zona central de éste.