En los siglos XVI y XVII sigue activo el comercio marítimo de España con el Norte, lana e hierro principalmente, y la pesca en el litoral cantábrico y gallego, pero el tráfico marítimo más significativo de aquellos siglos es el de Sevilla con el Nuevo Mundo. Sevilla es la metrópoli de todo el comercio de Europa con América. En el Mediterráneo prosiguen también los transportes marítimos desde Barcelona, Valencia, Málaga, y la pesca, especialmente la del atún en el Atlántico Sur, tiene su importancia. Los viajes por mar siguen siendo muy peligrosos, por la vulnerabilidad de los barcos de vela a las inclemencias meteorológicas, y por los piratas y corsarios atlánticos y mediterráneos.